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systems biology

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La biología de sistemas busca comprender la vida no como piezas aisladas, sino como una red compleja e interconectada donde cada componente interactúa dinámicamente. En lugar de estudiar un gen o una proteína en soledad, este enfoque integra datos masivos para revelar cómo funcionan los organismos completos, desde células individuales hasta ecosistemas enteros, permitiendo predecir comportamientos que serían invisibles de otra manera.

En Gist.Science, monitorizamos diariamente bioRxiv para llevar estos avances al público. Procesamos cada nuevo preprint de esta categoría, ofreciendo tanto resúmenes técnicos detallados para expertos como explicaciones en lenguaje sencillo para cualquier lector curioso. Nuestro objetivo es desmitificar la ciencia y hacer que la investigación de vanguardia sea verdaderamente accesible.

A continuación encontrarás las últimas publicaciones en biología de sistemas, seleccionadas y analizadas recientemente para que puedas explorar los hallazgos más frescos de este campo en constante evolución.

A Reproducible Dual-Model Constraint-Based Framework for Exploring Hepatic Energy Metabolism Under Stachys affinis-Derived Short-Chain Fatty Acid Scenarios

Este estudio presenta un marco reproducible de doble modelo basado en restricciones que demuestra cómo los ácidos grasos de cadena corta derivados de la fermentación de la estachiosa de *Stachys affinis* aumentan de manera dependiente de la dosis la producción de ATP hepático, identificando y validando a través de un experimento de rescate las brechas metabólicas específicas entre las reconstrucciones Recon3D y Human-GEM.

Nguyen, A. T., Nguyen, B. A.2026-03-30📄 systems biology

A Systems Framework for Quantifying Programmability and Persistence Across Mammalian Cell Types

Esta revisión presenta un marco de sistemas que integra datos de más de 50 poblaciones celulares para cuantificar la programabilidad y persistencia mediante una nueva métrica unificada (PPS) y análisis de fronteras de Pareto, facilitando así la selección óptima de células para terapias avanzadas y aplicaciones de ingeniería traslacional.

Chauhan, V., Chen, M., Sridharan, A. T., Pan, L.2026-03-30📄 systems biology

A Cohort-Based Global Sensitivity Benchmark of MRI-Derived Whole-Heart Electromechanical Models in Healthy Hearts

Este estudio establece un marco de referencia para modelos electromecánicos cardíacos de cuatro cámaras derivados de resonancia magnética en cinco sujetos sanos, demostrando que las condiciones de carga hemodinámica global, y no las variaciones anatómicas individuales, son los principales determinantes de la función cardíaca integral y revelando patrones específicos de acoplamiento auriculoventricular.

Rahmani, S., Pouliopoulos, J., W. C. Lee, A., Barrows, R. K., Solis-Lemus, J. A., Strocchi, M., Rodero, C., Qayyum, A., Lashkarinia, S., Roney, C., Augustin, C. M., Plank, G., Fatkin, D., Jabbour, A. (…)2026-03-30📄 systems biology

VIOLIN: A modular framework for scalable reconciliation of heterogeneous interaction graphs

El artículo presenta VIOLIN, un marco modular y configurable en Python que reconcilia automáticamente interacciones moleculares extraídas de la literatura con modelos estructurados, clasificando las relaciones en corroboraciones, contradicciones, casos señalados o extensiones, y demostrando su alta precisión y estabilidad mediante evaluaciones con sistemas de procesamiento de lenguaje natural y modelos de lenguaje grandes.

Luo, H., Hansen, C. E., Arazkhani, N., Telmer, C. A., Tang, D., Zhou, G., Spirtes, P., Miskov-Zivanov, N.2026-03-25📄 systems biology

The Gibbs free energy landscape based on liver metabolome revealed thermodynamic robustness against fasting and obesity

Este estudio revela que el hígado de ratón mantiene una notable robustez termodinámica en su paisaje de energía libre de Gibbs durante el ayuno y la obesidad, logrando un cambio eficiente entre la glucólisis y la gluconeogénesis mediante la inversión en la expresión enzimática para amortiguar las fluctuaciones de los metabolitos.

Abekawa, T., Ohno, S., Hirayama, A., Soga, T., Kuroda, S.2026-03-25📄 systems biology

NeighborFinder: an R package inferring local microbial network around a species of interest

El artículo presenta NeighborFinder, un paquete de R que infiere redes microbianas locales centradas en una especie de interés mediante regresión lineal múltiple con penalización L1, ofreciendo una alternativa computacionalmente eficiente y precisa a los métodos de redes globales para el estudio de interacciones específicas en grandes conjuntos de datos metagenómicos.

Sola, M., Paravel, A., Auger, S., Chatel, J.-M., Plaza Onate, F., Le Chatelier, E., Leclerc, M., Veiga, P., Frioux, C., Mariadassou, M., Berland, M.2026-03-25📄 systems biology

A graph-based learning approach to predict the effects of gene perturbations on molecular phenotypes

Este trabajo presenta un enfoque de aprendizaje automático basado en grafos que predice con alta precisión los efectos de las perturbaciones génicas en fenotipos moleculares, permitiendo priorizar experimentos, inferir mecanismos biológicos y generalizar a otros fenotipos sin necesidad de realizar costosos ensayos para cada gen.

Jin, Y., Sverchkov, Y., Sushkova, A., Ohtake, M., Emfinger, C., Craven, M.2026-03-25📄 systems biology